R data.frame 操作例选

1.查看data.frame的开头
> head(df)

      sequence   start     end
1    chromosome    1450    2112
2    chromosome   41063   41716
3    chromosome   62927   63640
4    chromosome   63881   64807
5    chromosome   71811   72701
2.选择data.frame特定的列
> df[,c('sequence','start','end')]

  sequence   start     end
1    chromosome    1450    2112
2    chromosome   41063   41716
3    chromosome   62927   63640
4    chromosome   63881   64807
5    chromosome   71811   72701
...
3.选择同时查看data.frame的列和行
> df[566:570,c('sequence','start','end')]

    sequence  start    end
566 chromosome 480999 479860
567 chromosome 481397 480999
568 chromosome 503053 501275
569 chromosome 506476 505712
570 chromosome 515461 514277
4.想SQL那样选择符合特定标准的行
df[df$value>3.0,]

sequence strand   start     end common_name    value
199 chromosome      +  907743  909506        hutU 3.158821
321 chromosome      + 1391811 1393337        nadB 3.092771
556 chromosome      -  431600  431037         apt 3.043373
572 chromosome      -  519043  518186        hbd1 3.077040
5.选择包含特定内容的行列：找到tRNA
> df[grep("trna", df$common_name, ignore.case=T),]

sequence strand   start     end common_name        value
18  chromosome      +  115152  115224    Asn tRNA -0.461038128
19  chromosome      +  115314  115422    Ile tRNA -0.925268307
31  chromosome      +  167315  167388    Tyr tRNA  0.112527023
32  chromosome      +  191112  191196    Ser tRNA  0.986357577
...
6.复制行名称：行名成不仅在data.frame中使用，在矩阵中同样适用。
  我们创建一个矩阵：
> a = matrix(1:18, nrow=6, ncol=3)
> rownames(a) <- c('a', 'a', 'a', 'b', 'b', 'b')
> colnames(a) <- c('foo', 'bar', 'bat')
> a
  foo bar bat
a   1   7  13
a   2   8  14
a   3   9  15
b   4  10  16
b   5  11  17
b   6  12  18
如果我们只按照行名称选择查看的话，R反馈回来的只有符合该名称的第一行
> a['a',]
foo bar bat 
  1   7  13 
> a['b',]
foo bar bat 
  4  10  16 

但如果这样查询就能查看所有符合行名称的内容
> a[rownames(a)=='a',]
  foo bar bat
a   1   7  13
a   2   8  14
a   3   9  15